分子シミュレーション手法の開発

これまでは主に物理化学の理論の基礎に基づいて分子シミュレーションの方法論の開発を行ってきました。

先ほど話したように、スーパーコンピュータを用いても1秒のシミュレーションを行うのは難しいです。そこで、長時間シミュレーションに対応する方法論の開発などを行ってきました。これにより、短い計算時間でいろいろなタンパク質の構造をサンプリングでき、タンパク質のより安定な構造を予測することができます。

また、タンパク質の周りのたくさんの水分子の効果も含めたタンパク質の安定性の評価を行える手法の開発や、この方法の有効性の評価を行っています。

最近は、タンパク質の分子シミュレーションで得られた複雑な動きの中から、タンパク質の特徴的な動きを抜き出す動的解析手法の開発などにも取り組んでいます。

近年は、これらの手法を駆使して、微力ながら次のような応用研究も進めたいと思っています。